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La melancolía de Haruhi Suzumiya trata de la vida de la estudiante de preparatoria, Haruhi Suzumiya, y de aquellos que quedan atrapados en sus locuras. Aunque Haruhi es el personaje central, la historia es contada desde el punto de vista de Kyon, uno de los compañeros de clase de Haruhi.
Kyon, de quien no conoceremos su nombre sino su apodo (Pues los guionistas se han “olvidado” de dárnoslo), es un estudiante de primer año de preparatoria quien recientemente ha dejado sus fantasías de sucesos paranormales, viajeros del tiempo, y aliens detrás, junto con la escuela secundaria. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excéntrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya en el primer día de clases, el inintencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real del que se había convencido era parte.
Haruhi tiene además una serie de conductas excéntricas, como la de peinarse cada día con un peinado diferente, cambiarse de ropa sin importarle que hubiese chicos delante, y unirse cada día a un club diferente en el instituto, pero sin quedarse en ninguno. Kyon hace una observación maliciosa de sus acciones y accidentalmente le da a Haruhi la inspiración de crear un club, la Brigada SOS. Para ayudarle a empezar su club, Haruhi recluta a fuerzas a Kyon, quien sólo se queda en el club para proteger (o tratar de proteger) otras víctimas indefensas de los "arrestos voluntarios" de Haruhi. Sin embargo, conforme la historia va progresando es revelado que cada una de estas supuestas "víctimas indefensas" tiene una razón para estar allí.